Trzecie tysiąclecie Lechia rozpoczęła na 4. poziomie rozgrywkowym. Jeszcze w sezonie 2000/2001 – po rozegraniu znakomitej rundy wiosennej – trójkolorowi do ostatniej kolejki walczyli o awans, przegrywając go wraz z ostatnim meczem ligowym z Bielawianką. Niestety, trzy lata później, po rozegraniu sezonu 2003/2004, pożegnali się z 4. ligą. Kolejne trzy sezony przyszło rozgrywać żółto-czerwono-niebieskim w klasie okręgowej.
Awans do dolnośląskiej 4. ligi udało się wywalczyć drużynie Lechii w sezonie 2006/2007.